Para melhor desempenhar as funções fixadas nos Estatutos , o Secretariado Executivo é dirigido pelo Secretário Executivo.
O Secretário Executivo é auxiliado nas suas funções pelo Diretor-Geral. Os Estatutos fixam, desde a Cimeira de Bissau, a existência de um Director-Geral, sendo que o cargo de Secretário Executivo Adjunto cessou com a sua nomeação.
O Diretor-Geral é recrutado entre os cidadãos nacionais dos Estados-membros, mediante concurso público, pelo prazo de 3 anos, renovável por igual período. O Diretor-Geral é o responsável, sob a orientação do Secretário Executivo, pela gestão corrente, planeamento e execução financeira, preparação, coordenação e orientação das reuniões e projectos activados pelo Secretariado Executivo.
A actuação do Secretariado Executivo está estruturada em três vectores estratégicos: a Concertação Político-Diplomática; a Cooperação em todos os domínios e; a Promoção e Defesa da Língua Portuguesa e da Cultura. Assim, este órgão da CPLP estrutura-se em três departamentos:
Estas áreas são complementadas por uma Assessoria de Imprensa, por uma Assessoria Jurídica e por um Departamento Administrativo e Financeiro. Na senda de uma maior proximidade com os cidadãos, a Sede da CPLP tem um Centro de Documentação aberto ao público.